Το Μουσείο Ναυτικής Παράδοσης και Σπογγαλιείας Νέας Κούταλης δίνει έμφαση στον εκπαιδευτικό χαρακτήρα των εκθεμάτων του και υιοθετεί σύγχρονες διδακτικές μεθόδους ώστε να χτίσει μία σταθερή σχέση με την εκπαιδευτική κοινότητα.
Η συνεργασία μουσείου-σχολείου καλλιεργεί και εδραιώνει μία μόνιμη και σταθερή σχέση ανάμεσα στο μαθητικό κοινό και στο μουσειακό φορέα, δημιουργώντας πολιτιστικές εμπειρίες και προσφέροντας ψυχαγωγία μέσω της πολιτιστικής κληρονομιάς βάσει σύγχρονων διδακτικών μεθόδων. Το μουσείο, ως φορέας άτυπης μάθησης, μπορεί να λειτουργήσει, ειδικά στις τοπικές κοινωνίες, ως χώρος παραγωγής μνήμης, συνδέοντας μέσα από τα υλικά και «άυλα» εκθέματά του το παρελθόν με το παρόν των ανθρώπων και των τόπων.
Η σύνδεση μουσείου-σχολείου πλαισιώνει με βιωματικό τρόπο πολλά γνωστικά αντικείμενα, όπως η Ιστορία και η Τοπική Ιστορία, η Αισθητική Αγωγή, η Μελέτη Περιβάλλοντος, τα Μαθηματικά, η Φυσική. Με το άνοιγμα του μουσείου στο σχολείο επιδιώκεται η καλλιέργεια των αισθήσεων (βλέπω, ακούω, αγγίζω, κινούμαι, αισθάνομαι), της αντίληψης (αποκρίνομαι, επεξεργάζομαι νοητικά, ερευνώ, επικοινωνώ) και της πράξης (πράττω, δημιουργώ, παράγω). Επίσης, μέσα από τη συνεργασία μουσείου-σχολείου επιτυγχάνεται ο συνδυασμός της θεωρίας με την πράξη (παραγωγή εργασιών και έργων από τα ίδια τα παιδιά, γνωριμία με τεχνικές, υλικά, μέσα), δίνεται έμφαση στον επικοινωνιακό χαρακτήρα των θεματικών του μουσείου και προάγεται η ευαισθητοποίηση των παιδιών σε κοινωνικά θέματα (οικολογία, ανακύκλωση, ανθρώπινα δικαιώματα, μετανάστευση κτλ).