Το Μουσείο Ναυτικής Παράδοσης και Σπογγαλιείας Νέας Κούταλης δίνει έμφαση στον εκπαιδευτικό χαρακτήρα των εκθεμάτων του και υιοθετεί σύγχρονες διδακτικές μεθόδους ώστε να χτίσει μία σταθερή σχέση με την εκπαιδευτική κοινότητα.
Η συνεργασία μουσείου-σχολείου καλλιεργεί και εδραιώνει μία μόνιμη και σταθερή σχέση ανάμεσα στο μαθητικό κοινό και στο μουσειακό φορέα, δημιουργώντας πολιτιστικές εμπειρίες και προσφέροντας ψυχαγωγία μέσω της πολιτιστικής κληρονομιάς βάσει σύγχρονων διδακτικών μεθόδων. Το μουσείο, ως φορέας άτυπης μάθησης, μπορεί να λειτουργήσει, ειδικά στις τοπικές κοινωνίες, ως χώρος παραγωγής μνήμης, συνδέοντας μέσα από τα υλικά και «άυλα» εκθέματά του το παρελθόν με το παρόν των ανθρώπων και των τόπων.
Η σύνδεση μουσείου-σχολείου πλαισιώνει με βιωματικό τρόπο πολλά γνωστικά αντικείμενα, όπως η Ιστορία και η Τοπική Ιστορία, η Αισθητική Αγωγή, η Μελέτη Περιβάλλοντος, τα Μαθηματικά, η Φυσική. Με το άνοιγμα του μουσείου στο σχολείο επιδιώκεται η καλλιέργεια των αισθήσεων (βλέπω, ακούω, αγγίζω, κινούμαι, αισθάνομαι), της αντίληψης (αποκρίνομαι, επεξεργάζομαι νοητικά, ερευνώ, επικοινωνώ) και της πράξης (πράττω, δημιουργώ, παράγω). Επίσης, μέσα από τη συνεργασία μουσείου-σχολείου επιτυγχάνεται ο συνδυασμός της θεωρίας με την πράξη (παραγωγή εργασιών και έργων από τα ίδια τα παιδιά, γνωριμία με τεχνικές, υλικά, μέσα), δίνεται έμφαση στον επικοινωνιακό χαρακτήρα των θεματικών του μουσείου και προάγεται η ευαισθητοποίηση των παιδιών σε κοινωνικά θέματα (οικολογία, ανακύκλωση, ανθρώπινα δικαιώματα, μετανάστευση κτλ).
Στόχοι του Μουσείου Ναυτικής Παράδοσης και Σπογγαλιείας Νέας Κούταλης είναι η ανάδειξη της ιστορίας των Κουταλιανών στην παλιά τους πατρίδα και η παρουσίαση της σπογγαλιείας, έτσι όπως την έζησαν και την εξάσκησαν οι Κουταλιανοί στη νέα τους πατρίδα τη Λήμνο. Οι στόχοι αυτοί υποστηρίζονται από τις τρεις θεματικές ενότητες της έκθεσης που αναπτύσσονται με τρόπο κατανοητό στο ευρύτερο κοινό. Οι ενότητες αυτές, «Η Ζωή των Κουταλιανών πριν από τον ξεριζωμό τους», «Η Σπογγαλιεία στη Νέα Κούταλη στη Λήμνο» και «Η Αρχαιολογική Συλλογή», παρουσιάζουν μια λογική αλληλουχία που διέπεται αφενός από την ιστορική εξέλιξη του θέματος και αφετέρου από τη σταδιακή μύηση του επισκέπτη σε ένα από τα πιο συναρπαστικά παραδοσιακά επαγγέλματα των Ελλήννων, τη σπογγαλιεία.

