Την περίοδο της ακμής της ναυτιλίας των Κουταλιανών, τα πλοία του νησιού προσέγγιζαν τα μεγαλύτερα λιμάνια της Μαύρης Θάλασσας, του Αιγαίου και της Μεσογείου. Οι καπεταναίοι δεν περιορίζονταν μόνο στις μεταφορές εμπορευμάτων, αλλά έκαναν εμπορικές πράξεις (συρμαγιά) και εμπορικές συναλλαγές. Το νησί διέθετε τα δικά του ναυπηγεία, όπου σκαρώνονταν τα μικρά καράβια του στόλου των Κουταλιανών και γίνονταν επισκευές σκαφών μέχρι 45 τόνους. Τα σκάφη ήταν εμπορικά, μηχανοκάικα και σφουγγαράδικα, κυρίως σαντάλες, πένες, αλαμάνες, γολέτες και μπρίκια.
Η εμπορική ναυτιλία της Κούταλης υπέστη ένα σοβαρό πλήγμα την παραμονή των Θεοφανίων τον Ιανουάριο του 1862, όπου σε μια χιονοθύελλα βυθίστηκε το καράβι που μετέφερε τριάντα Κουταλιανούς καπετάνιους που πήγαιναν να βρουν τα αγκυροβολημένα, λόγω του χειμώνα, στην Κωνσταντινούπολη καράβια τους. Μετά την απώλεια αυτή, το εμπορικό ναυτικό του νησιού δεν μπόρεσε να αναπτυχθεί ξανά και, σταδιακά, έως το τέλος του 19ου αιώνα συρρικνώθηκε σημαντικά. Όμως, η βασική αιτία της παρακμής του ναυτικού της Κούταλης θα πρέπει να αποδοθεί στον ανταγωνισμό που είχε ήδη ξεσπάσει μεταξύ της ατμοκίνητης και της ιστιοφόρου εμπορικής ναυτιλίας, την οποία οι Κουταλιανοί ασκούσαν κατ’ αποκλειστικότητα. Μετά την παρακμή του εμπορικού στόλου, οι Κουταλιανοί επιδόθηκαν κυρίως στη σπογγαλιεία και την αλιεία, που τους επέφεραν ήδη από παλιά πολύ μεγάλα κέρδη.
Η αλιεία εξασκούνταν από τους Κουταλιανούς στα πλούσια σε αλιεύματα περάσματα της Προποντίδας και το νησί αποτελούσε τη μεγαλύτερη αγορά νωπών ψαριών, καθώς εκεί συγκεντρώνονταν καθημερινά όλα τα ψάρια από τα γειτονικά νησιά για να διακινηθούν σε μεγάλες ποσότητες προς την Κωνσταντινούπολη και τα αστικά κέντρα της Οθωμανικής αυτοκρατορίας. Ακόμη, υπήρχαν βιοτεχνίες για το πάστωμα ψαριών, τα οποία επίσης τροφοδοτούσαν την Κωνσταντινούπολη, τη Σμύρνη, τη Μυτιλήνη, το Αϊβαλί, τη Χίο και άλλες πόλεις, συσκευασμένα σε βαρέλια, τα οποία κατασκευάζονταν επίσης στην Κούταλη από ξύλο οξιάς προερχόμενο από τη Νικομήδεια. Ο κυριότερος τρόπος ψαρέματος των Κουταλιανών ήταν με το γρίπο, με τον οποίο ψάρευαν κυρίως παλαμίδες, τσίρους, κολιούς, σκουμπριά και σαρδέλες. Επίσης, ψάρευαν και με συγκροτήματα σκαφών που αποτελούνταν από ένα μεγάλο σκάφος, τη σαντάλα, και άλλα μικρότερα κατά σειρά. Οι σαντάλες ήταν χαρακτηριστικά μακρόστενα σκάφη, που έφταναν στο μήκος τα 17 μέτρα με αναλογία πλάτους – μήκους 1/6. Έφεραν ιδιαίτερες διακοσμήσεις στην πλώρη και την πρύμνη και κινούνταν με εφτά ζεύγη κουπιών και είκοσι ανθρώπους πλήρωμα.
Όσον αφορά στη σπογγαλιεία, αυτή εξασκούνταν έξω από τη θάλασσα του Μαρμαρά, στο Αιγαίο, και λέγεται ότι «δεν υπάρχει ναυτικός Κουταλιανός όστις να μη ενεδύθη την ενδυμασίαν του δύτου και να μη κατήλθε εις τον πυθμένα». Παρότι δεν είναι γνωστό αν οι Κουταλιανοί επιδίδονταν στη σπογγαλιεία πριν από τη χρήση του σκάφανδρου και της αεραντλίας, στις αρχές του 20ού αιώνα η Κούταλη είχε πλέον καθιερωθεί ως ένα από τα λίγα σπογγαλιευτικά μέρη της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Οι Κουταλιανοί χρησιμοποιούσαν για τη σπογγαλιεία ένα ιδιαίτερο είδος βάρκας που ονομαζόταν «μπότης» ή «κούντουλο» ή «γούτσος». Πρόκειται για οξύπρυμνο σκάφος που ταξίδευε με τα πανιά (σακολέβα και φλόκο ή στάτζο) ή με τα κουπιά. Είχε μήκος 8 μέτρα περίπου και στο μικρό αμπάρι, στη μέση του σκάφους, ήταν στερεωμένη η καταδυτική μηχανή. Την ώρα της κατάδυσης ο μπότης ακολουθούσε με τα τέσσερα κουπιά του τον δύτη και τον τροφοδοτούσε με αέρα από τη χειροκίνητη καταδυτική μηχανή. Όταν οι δύτες αναδύονταν, έφερναν τα σφουγγάρια στο κατάστρωμα του καϊκιού, τα καθάριζαν επάνω στο καΐκι, τα άπλωναν στον ήλιο για να στεγνώσουν και τα αποθήκευαν σε τσουβάλια μέχρι να πουληθούν. Ο αριθμός των σπογγαλιευτικών πλοίων πριν από το 1922 ήταν πάνω από τριάντα, με χωρητικότητα τεσσάρων τόνων το καθένα και με πλήρωμα οκτώ ανδρών. Το κάθε ένα από τα σκάφη αυτά μάζευε πεντακόσιες οκάδες σφουγγάρια περίπου σε κάθε αλιευτική περίοδο και οι συνολικές εισπράξεις ανέρχονταν μέχρι και τις 25.000 χρυσές τουρκικές λίρες κάθε χρόνο, στοιχείο ενδεικτικό αφενός για το πόσο προσοδοφόρο ήταν το επάγγελμα αυτό και αφετέρου για τη μεγάλη ακμή της Κούταλης εκείνη την περίοδο.
