Μετά τη μικρασιατική καταστροφή και σύμφωνα με τους όρους της συνθήκης της Λωζάνης (1923), οι Κουταλιανοί κρίθηκαν ανταλλάξιμοι και αναγκάστηκαν να εκπατριστούν ως πρόσφυγες. Έτσι, το φθινόπωρο του 1922 οι κάτοικοι του νησιού έφυγαν στην πλειοψηφία τους με κουταλιανά καΐκια προς αναζήτηση νέου τόπου εγκατάστασης στον Ελλαδικό χώρο. Πολλοί από αυτούς κατέληξαν στη Λήμνο, όπου εγκαταστάθηκαν σε προσφυγικούς οικισμούς.
Η Λήμνος επελέγη αφενός γιατί οι Κουταλιανοί σφουγγαράδες βουτούσαν κάθε χρόνο στις ξέρες γύρω από το νησί και γνώριζαν καλά τη θάλασσά του και, αφετέρου, γιατί έβρισκαν ομοιότητες ανάμεσα στην Κούταλη και τη Νέα κούταλη ως προς τη γεωμορφολογία, τα χρώματα και τις μυρωδιές, έχοντας ήδη αποκτήσει σχέσεις με τους Λημνιούς. Το χωριό Νέα Κούταλη χτίστηκε μετά το 1926 στη θέση Αγία Μαρίνα, στην οποία κατοίκησε το μεγαλύτερο ποσοστό των Κουταλιανών προσφύγων. Έχει σύγχρονη ρυμοτομία, δεντροστοιχίες και είναι ονομαστό για τους ανθόκηπους των σπιτιών του. Το 1928 η Νέα Κούταλη είχε 351 κατοίκους, ενώ στο διάστημα μίας δεκαετίας, το 1938, ζούσαν στο χωριό 500 άτομα και είχαν χτιστεί 70 διπλοκατοικίες. Το 1947, είκοσι περίπου χρόνια μετά την πρώτη εγκατάσταση των προσφυγικών πληθυσμών, ιδρύθηκε η κοινότητα της Νέας Κούταλης.
